FONTAGRO es una alianza de 15 países cuya estructura de gobernanza está constituida por un Consejo Directivo (CD) y una Secretaría Técnica-Administrativa liderada por una Secretaría Ejecutiva.
FONTAGRO cuenta con un Presidente y un Vicepresidente, elegido anualmente entre los miembros del CD, y junto con la Secretaría Ejecutiva, conforman el Comité Ejecutivo.
El Consejo Directivo es el órgano de dirección superior del mecanismo. Todos los países miembros integrarán el Consejo Directivo a través de un representante titular designado y un representante alterno, ambos debidamente acreditados por las autoridades pertinentes del país. Los representantes cuentan con reconocida experiencia en investigación e innovación tecnológica del sector.
El Consejo Directivo cuenta con un Presidente y un Vicepresidente, elegidos entre los países miembros, ya sea por consenso o en caso necesario, por medio de votación. El período de mandato es de un año, renovable por un período adicional.
La Secretaría es el órgano de apoyo técnico y administrativo, y está dirigida por un Secretario Ejecutivo nombrado por el Consejo Directivo, y elegido mediante concurso público internacional, por un periodo de tres años, renovable.