Los Sistemas Territoriales de Innovación (STI) son mecanismos colaborativos en donde los actores de un territorio trabajan en equipo para mejorar sus ingresos, buscando alternativas de mejoramiento de los sistemas productivos que le permita a los agricultores acceder a nuevos nichos de mercado.

En el STI conformado en el marco del proyecto "Root to Food" participan organizaciones de productores de los departamentos de Boyacá y Cundinamarca, la Pontificia Universidad Javeriana y la Corporación PBA. A través de este STI se definieron protocolos para la producción de papas nativas con buenas prácticas agrícolas. Se registraron y ajustaron los costos de producción y se  han definido estrategias para la comercialización y transformación de productos agropecuarios como la papa y la leche. Actualmente se están buscando nichos de mercado y se cuenta con algunas experiencias positivas de comercialización de papas nativas.