Desde 2008, John Beer ha sido director de la División de Investigación y Desarrollo del CATIE (Centro de Investigación y Educación Superior Agrícola Tropical). Anteriormente se había desempeñado en diversos cargos en el CATIE: subdirector general, director del Departamento de Agricultura y Agroforestería, jefe del Área de Manejo de Cuencas y Agroforestería, científico y líder en diferentes proyectos regionales de agroforestería, y docente de la Escuela de Posgrado del CATIE. Ha trabajado en colaboración con muchos socios internacionales, incluidas actividades en conjunto CGIAR (en particular, con ICRAF y CIAT), GTZ, CIRAD, el Banco Mundial y Universidades (incluida U. Laval), siempre con un enfoque en el uso de la investigación aplicada para contribuir a resolver las limitaciones productivas y ambientales de las zonas rurales, en particular de las pequeñas y medianas fincas y los organismos correspondientes que las atienden. Es presidente de la plataforma de colaboración científica “Sistemas Agroforestales con Cultivos Perennes”.