Javier es Doctor en Desarrollo Económico en la Universidad Wageningen, en Holanda y Magíster de la Universidad de Nueva York, donde también realizó estudios doctorales en Economía. Actualmente se desempeña como Investigador Principal de GRADE. Asimismo, es Investigador Principal para el Perú del estudio longitudinal Niños del Milenio, que se realiza además en Etiopía, India y Vietnam y que pretende seguir a más de 2.000 niños en condiciones de pobreza en Perú durante los primeros quince años de su vida.
En el área de Desarrollo Rural, su trabajo reciente se ha concentrado en explorar la evolución de mediano plazo de distintos territorios rurales en el Perú. En el tema de Pobreza y Equidad, se ha especializado en temas de pobreza rural, buscando determinar el papel que desempeñan los bienes y servicios públicos en la elevación de los niveles de vida de los pobres rurales; y en la medición de distintas dimensiones de desigualdad, poniendo especial atención a la polarización espacial de los ingresos.
En el año 2000 obtuvo, junto con Máximo Torero, el Premio a la Excelencia en Investigación en Desarrollo del Global Development Network (GDN) por su investigación sobre la dimensión geográfica del desarrollo. En el año 2001 fue distinguido con la beca de John Simon Guggenheim Memorial Foundation para continuar sus estudios sobre los vínculos entre los pequeños productores agrarios y el mercado. Ese mismo año, en la Conferencia Anual del Global Development Network (GDN), obtuvo la medalla al mérito por mejor investigación en el área de Infraestructura y Desarrollo, con su investigación sobre la medición de costos de transacción en la agricultura peruana. En el año 2016 se le otorgó la condecoración «Medalla Ministerio de Agricultura y Riego» como reconocimiento a su trayectoria académica vinculada al ámbito agrario.
Ha sido asesor del Ministerio de Economía y Finanzas, miembro del Directorio de la Empresa Municipal de Mercados Mayoristas de Lima, del Consejo Consultivo de Desarrollo Rural (Comisión Interministerial de Asuntos Sociales), miembro de la Comisión de Normas Técnicas del Instituto Nacional de Defensa de la Competencia y de la Protección de la Propiedad Intelectual (INDECOPI) y presidente del Seminario Permanente de Investigación Agraria (SEPIA) para el período 2011-2013. Ha sido consultor del Banco Mundial y del Banco Interamericano de Desarrollo.